|
|
Phylogeographic and systematic studies of selected bat taxa of the western part of the Old World
Uvizl, Marek ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Csorba, Gabor (oponent)
Netopýři přitahují pozornost díky jejich pozoruhodným adaptacím, jako je schopnost letu a echolokace, prodloužená délka života, fenotypová diverzita atd. Jejich fylogeneze byla a je stále studována pomocí nejmodernějších molekulárních metod, ovšem mnoho druhů nebo druhových skupin stále čeká až budou molekulárně zrevidovány. Tato charakteristika platí zejména pro druhy s velkými areály výskytu nebo druhové komplexy s kryptickou diverzitou. Takové taxony může stále nalézt i v západní části Starého světa. Do této oblasti se řadí Evropa, západní Asie a Afrika a jako celek představuje přirozenou oblast výzkumu středoevropských (Českých a Československých) chiropterologů. Tato disertační práce je zaměřená na revizi fylogenetických a fylogeografických vztahů šesti méně studovaných druhů a/nebo druhových skupin netopýrů za použití jak molekulárních, tak morfologických metod. Mitochondriální a jaderné sekvence genetických markerů byly generovány pro více než 10 druhů a dále byly použity pro tvorbu fylogenetických stromů, haplotypových sítí a odhadu doby divergence námi studovaných druhů netopýrů. Mezi hlavní výsledky této disertační práce patří: (1) doplnění dat a tím upřesnění distribučních areálů druhů, které patří do druhového komplexu netopýra řasnatého (Vespertilionidae: Myotis nattereri) a to díky...
|
|
|
Taxonomy, phylogeny and phylogeografy of selected groups of aquatic beetles (Coleoptera: Hydrophilidae, Hydraenidae) of the Caribbean region
Deler-Hernández, Albert ; Fikáček, Martin (vedoucí práce) ; Ribera, Ignacio (oponent) ; Archangelsky, Miguel (oponent)
Tato doktorská práce je zaměřena na zástupce broučích čeledí vodomilovitých (Hydrophilidae) a vodanovitých (Hydraenidae) karibské oblasti a přilehlých oblastí. Je rozdělena do dvou částí: fylogenetické a systematické. Fylogenetická část se zaměřuje na vodomilí rody Phaenonotum a Crenitulus Velkých Antil: materiál byl nasbírán na všech čtyřech hlavních ostrovech (Kuba, Hispaniola, Jamajka, Portoriko) a analyzován na základě morfologických a molekulárních dat. Rod Phaenonotum obsahuje čtyři endemické druhy vyskytující se každý na jednom z ostrovů, z nichž ty z Kuby, Jamajky a Hispanioly jsou bezkřídlé a tvoří fylogenetickou větev, která se oddělila před ca. 46 milióny let a pravděpodobně kolonizovala karibskou oblast přes pevninský most GAARlandia. Druh endemický pro Portoriko a další dva neendemické druhy kolonizovaly karibské ostrovy přes moře během oligocénu a miocénu. Analýza rodu Crenitulus ukázala, že karibské druhy patří do dvou kládů: skupina druhů kolem C. yunque tvoří klád endemický pro Kubu a Hispaniolu, kdežto skupina druhů kolem C. suturalis je rozšířena na Velkých Antilách a v severní Americe. Podrobná revize druhové skupiny kolem C. yunque za pomocí morfologie a metod pro rozlišení druhů na základě molekulárních dat ukázala, že tato skupina obsahuje 11 druhů endemických pro jednotlivá...
|
|
| |
|
|
Fylogeografie komplexu \kur{Phasianus colchicus}
KOFRÁNEK, Zdeněk
Genus Phasianus is currently divided into 2 species and 33 subspecies, which occupy a wide range from Japanese Islands to Caucasus Mts. This study deals with the phenotypic characters of Phasianus in order to reconstruct their evolution. The obtained results were compared with available molecular studies focused on the same group. In conclusion, phenotype characters of this genus serves us a sufficient number of phylogenetically informative characters, which fit well with their phylogenetic relationships.
|
|
|
Fylogeneze rodu Protaetia Burmeister, 1842 v západním palearktu
Žďárská, Kateřina ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Bezděk, Aleš (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá fylogenezí a fylogeografií zlatohlávků rodu Protaetia, zejména pak komplikovaným taxonomickým komplexem okolo druhů Protaetia (Potosia) cuprea, P. cuprina a P. caucasica v oblasti západního palearktu. Ve světle výsledků studie Vondráček et al. (2018) se zdá, že klasický taxonomický přístup, založený pouze na zbarvení, geografickém rozšíření či nepříliš dobře analyzovaných morfologických znacích, není schopen adekvátně vysvětlit evoluci taxonu, natož správně identifikovat jednotlivé taxony na druhové úrovni (tj. druhy a poddruhy). Pro pochopení evoluce skupiny a struktury populací je proto nezbytné využít také dnes již standartní molekulárně-fylogenetické přístupy. Na základě analýz jednoho jaderného (internal transcribed spacer 1) a dvou mitochondriálních genů (cytochromoxidáza I a cytochom b) od 231 jedinců byla sestavena fylogenetická hypotéza západopalearktických zástupců rodu Protaetia. Bylo zjištěno, že v současnosti uznávané podrody výše zmíněného rodu neodpovídají výsledkům analýz. Jako nemonofyletické se ukázaly podrody Eupotosia, Netocia a Potosia. V rámci druhového komplexu P. cuprea byly kromě evropského kládu P. cuprea (sensu stricto) identifikovány čtyři linie ve východní Evropě, Malé Asii a Kavkazu, které neodpovídají stávajícímu taxonomickému členění a...
|
|
|
Evolution of the genus Arabidopsis in its centre of diversity
Šrámková, Gabriela
Předpokladem pro řešení obecných otázek týkajících se vývoje vnitrodruhové variability v prostoru a čase je znalost rozložení variability v rámci areálu druhu. Velkým krokem kupředu byl rozvoj molekulárních metod, které umožnily řešení různých evolučních otázek za využití přirozených populací modelových druhů a jejich blízkých příbuzných. Ačkoli jsou volně žijící příbuzní Arabidopsis thaliana v centru pozornosti rostlinných evolučních biologů a molekulárních genetiků již dlouhou dobu, rozložení jejich genetické diverzity a fenotypové variability v přirozených populacích jsou často přehlíženy. Předkládaná práce se zaměřuje na jedny z nejstudovanějších modelových druhů v čeledi Brassicaceae, druh Arabidopsis halleri a druhový komplex A. arenosa, jejichž příslušníci jsou hojně využíváni pro studium ekologie, fyziologie a evoluce i molekulárních základů fytoremediace nebo paralelní adaptace. Cílem studie bylo zjistit vnitrodruhovou variabilitu na ploidní úrovni, odhalit fylogenetické vztahy a prostorové rozložení genetické diverzity v celém areálu výskytu a navrhnout nový taxonomický koncept založený na zjištěné vnitrodruhové variabilitě. Výsledků bylo dosaženo pomocí DNA průtokové cytometrie, několika molekulárních metod (AFLP, SSR, sekvenování cpDNA a single/low-copy genů, ddRADSeq, celogenomové...
|
|
|
Phylogeography of Rousettus aegyptiacus in the Mediterranean region
Dundarova, Cheliana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Rod Rousettus má pro kaloně netypický areál zahrnující Asii i Afriku. V Persii, Arábii a východním Středomoří tvoří severní hranici rozšíření čeledi. To bylo ovlivněno schopností echolokace, která umožnila této skupině používat jako úkryty jeskyně, šířit se nezávisle na přítomnosti lesních biotopů a osídlit oblasti s mediteránním typem klimatu. Cílem práce je pomocí sekvenování mitochondriálního markeru s rychlou evolucí studovat genetickou variabilitu, její geografickou distribuci a demografii u severních populací kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus). Fylogenetické rekonstrukce naznačují relativně hlubokou divergenci mezi disjunktními částmi areálu ve východní Africe a východním Mediteránu. Haplotypy ze Sinaje a Jordánu mají bazální pozici v rámci severního klastru, což ukazuje na roli příslušných oblastí při kolonizaci východního Středomoří. Severní haploskupina je středně diverzifikovaná s částečnou geografickou lokalizací jednotlivých haplotypů. Signifikantní korelace mezi maticí genetických a geografických vzdáleností svědčí o určitém omezení genového toku mezi jednotlivými koloniemi, přinejmenším u samic. Analýzy landscape genetics odhalují diskontinuity v prostorové distribuci genetické variability, v některých případech korelující s geografickými bariérami, např. na Kypru, kde patrně hraje roli...
|
|
|
Kolonizace Střední Evropy bentickým sladkovodním korýšem Asellus aquaticus (Isopoda, Crustacea)
Střížek, Antonín ; Sacherová, Veronika (vedoucí práce) ; Špaček, Jan (oponent)
Dlouhodobé klimatické změny, jsou pevnou součástí vývoje planety Země. V několika posledních miliónech let znamenalo střídání glaciálů a interglaciálů stejně běžný a pravidelný proces jako je střídání dne a noci, nebo jara a zimy. Stejně významně také tyto cykly ovlivňují vývoj přírody na Zemi. I když se nám v průběhu několika uplynulých lidských generací zdá stav přírody stabilním, realita v dlouhodobém je měřítku podstatně jiná. Během těchto cyklů se významně měnila poloha podnebních pásů, velikost ledovců, pouští, savan, stepí či deštných pralesů. Ogranizmy měnily polohy svých areálů rozšíření, mnoho dnes široce rozšířených druhů bylo zatlačeno do izolovaných lokálních populací. Tato diplomová práce odhaluje dopad glaciálních cyklů na drobného sladkovodního korýše berušku vodní (Asellus aquaticus). Vysoce variabilní mitochondriální gen COI byl osekvenován u 139 jedinců tohoto druhu z 62 lokalit střední Evropy. Tato data byla doplněna do širšího rámce již známé fylogeografické struktury celého kontinentu. Beruška vodní na území České republiky vykazuje poměrně vysokou míru genetické heterogenity (maximální objevená nukleotidová divergence dosahuje hodnoty 0,132 a průměrna hodnota je 0,016). Na území České republiky se vyskytují zástupci dvou hlavních evropských genealogických linií, které se od...
|
|
|
Fylogeografie a genetická variabilita bentických korýšů v evropských vnitrozemských vodách
Pešek, Pavel ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Sacherová, Veronika (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá shrnutím známých údajů o geografickém rozložení genealogických linií a genetické variability převážně na vnitrodruhové úrovni a jeho historických příčin u bentických korýšů evropských kontinentálních vod z podtřídy Eumalacostraca. V práci jsou zahrnuty ty druhy, ke kterým bylo publikováno dostatečné množství souvisejících prací. Detailněji je diskutována situace raků rodu Austropotamobius. Současné rozložení genealogických linií vyšších bentických korýšů bylo ovlivněno změnami v propojenosti a obyvatelnosti vodních habitatů. Linie druhové se často oddělily v důsledku geologických a klimatických procesů ve třetihorách, příkladem může být oddělení druhových komplexů račího rodu Austropotamobius, rozdělení druhových linií komplexu blešivce potočního Gammarus fossarum a berušky vodní Asellus aquaticus. Dnešní distribuce vnitrodruhových linií byla silně ovlivněna čtvrtohorními cykly zalednění, se kterými souvisí nejen zánik mnoha ekosystémů při postupu ledovců, ale i vznik nových kolonizačních cest. Takovými byla jezera při okraji tajících ledovců, která využil například blešivec jezerní Gammarus lacustris, nebo ústup moří, který umožnil rakovi bělonohému Austropotamobius pallipes kolonizovat Británii a krabovi říčnímu Potamon fluviatile kolonizovat Itálii a je možná příčinou...
|
|
|
Fylogeografie rodu Squalius v Albanii
Lerch, Zdeněk ; Švátora, Miroslav (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Souhrn Diplomová práce na téma Fylogeografie rodu Squalius v Albánii popisuje genetickou diverzitu tohoto rodu v Albánii a přilehlých oblastech a to na základě molekulární analýzy cytochromu b. V této oblasti byly identifikovány celkem tři linie nejasného taxonomického postavení, které se vzájemně geneticky lišily v průměru o 1,6 % - 2,1 %. Jedna linie je rozšířena směrem na sever od Albánie, v celé perijadranské oblasti, další linie se vyskytuje hlavně v severní polovině Albánie a konečně třetí linie má centrum výskytu v oblasti starých tektonických jezer Prespa a Ochrid, odkud proniká zejména do jižní části Albánie. V povodí Ochrid -Drin- Skadar systému se obě linie vyskytují sympatricky. Fylogenetická a taxonomická situace rodu Squalius se v této části Balkánu jeví jako zajímavé téma i pro budoucí detailnější studie. Klíčová slova: Squalius, Albánie, cytochrom b, fylogeografie
|
host ::
RSS.